Od roku 1526 vládla na našom území nová dynastia – Habsburgovci a spolu s ich príchodom sa šírili aj myšlienky humanizmu. Začali vznikať prvé školy v histórii Habsburskej ríše – mestské, kolégiá, gymnáziá a akadémie. V Trnave vznikla v roku 1635 univerzita vedená jezuitmi, v roku 1660 vznikla univerzita v Košiciach. Keďže Habsburgovci boli katolíci, nútili obyvateľov aj šľachtu vyznávať ich vieru. Preto sa v období 16. a 17. storočia postavili proti šíriacej rekatolizácii mnohí protestanti a začali sa krvavé protihabsburské povstania. Začiatkom 18. storočia po definitívnej porážke Turkov si Habsburgovci upevnili svoju moc.
V roku 1713 prijal cisár Karol VI. Pragmatickú sankciu, dokument o nedeliteľnosti ríše a práve žien vládnuť ako kráľovné. Na dvore vo Viedni v tom čase pôsobil najvýznamnejší Slovák v histórii 18. storočia, Matej Bel, ktorého nazvali aj „veľká ozdoba Uhorska“. Rodák z Očovej bol polyhistor, vedec, filozof, člen Britskej kráľovskej spoločnosti. Jeho najvýznamnejšie dielo je Notície – historické a zemepisné vedomosti o novom Uhorsku, kde zhromaždil vtedajšie komplexné poznatky o krajine. Pri jeho práci mu pomáhal kartograf Samuel Mikovíni, ktorý zakresloval mapy.
Habsburská centralizácia vyvrcholila za vlády Márie Terézie (1740-1780) a jej syna Jozefa II. (1780-1790). Obaja zaviedli v Habsburskej ríši mnohé prospešné reformy, zlepšili školstvo, hospodárstvo, súdnictvo.
Mária Terézia podporovala na území Slovenska manufaktúry (napr. v Holíči, Šaštíne, Bernolákove), zavádzala pestovanie nových plodín – napr. zemiaky, kukuricu, tabak. Mária Terézia sa postarala o reformáciu školstva, odstránila mučenie a súdy nad čarodejnicami, zaviedla tzv. tereziánsky urbár – súpis majetku a povinností poddaných. V Banskej Štiavnici v roku 1763 založila Banskú akadémiu, prvú vysokú školu tohto druhu v Uhorsku.
Jej syn Jozef II. pokračoval v reformách. V roku 1781 vydal Tolerančný patent, ktorým zaručil náboženskú slobodu pre všetkých obyvateľov, v roku 1785 zrušil v Uhorsku nevoľníctvo (úplné pripútanie poddaného k zemepánovi a jeho pôde) a zaviedol povinnú školskú dochádzku.
Koncom 18. storočia ovplyvnil dejiny Európy francúzsky cisár Napoleon, ktorý so svoíim vojskom prenikol aj na naše územie. V decembri 1805 sa po jeho víťazstve pri Slavkove na Morave (bitka troch cisárov, v ktorej porazil rakúsko – ruské vojská) podpisoval v Bratislave mier medzi ním a Habsburgovcami. V novej vojne v roku 1809 boli Habsburgovci porazení, francúzski vojaci vyhodili do povetria hrad Devín, z ktorého je odvtedy len zrúcanina.
Slovensko súčasťou Uhorska | Dejiny Slovenska | Slovenské Národné Obrodenie |